Структура белка Hfq из Chromobacterium haemolyticum выявила новый вариант регуляции связывания РНК с белком

Обложка

Цитировать

Полный текст

Открытый доступ Открытый доступ
Доступ закрыт Доступ предоставлен
Доступ закрыт Доступ платный или только для подписчиков

Аннотация

Определена структура белка Hfq из бактерии Chromobacterium haemolyticum, формирующая кристаллы в двух различных пространственных группах. В обоих случаях белок имеет характерную четвертичную структуру кольцевого гексамера. Полученная структура показала ранее не описанный вариант взаимодействия С-концевой неструктурированной части Hfq с аминокислотными остатками проксимального РНК-связывающего участка белка. Такой контакт может вносить вклад в регуляцию связывания молекул РНК с белком Hfq.

Об авторах

Н. В. Леконцева

Институт белка РАН

Email: nikulin@vega.protres.ru
Россия, Пущино

А. Д. Никулин

Институт белка РАН

Автор, ответственный за переписку.
Email: nikulin@vega.protres.ru
Россия, Пущино

Список литературы

  1. Jørgensen M.G., Pettersen J.S., Kallipolitis B.H. // Biochim. Biophys. Acta – Gene Regul. Mech. 2020. V. 1863. P. 194504. https://doi.org/10.1016/j.bbagrm.2020.194504
  2. Holmqvist E., Wagner G.H. // Biochem. Soc. Trans. 2017. V. 45. P. 1203. https://doi.org/10.1042/BST20160363
  3. Dutta T., Srivastava S. // Gene. 2018. V. 656. P. 60. https://doi.org/10.1016/j.gene.2018.02.068
  4. Wagner E.G.H., Romby P. // Adv. Genet. 2015. V. 90. P. 133. https://doi.org/10.1016/bs.adgen.2015.05.001
  5. Pecoraro V., Rosina A., Polacek N. // Non-Coding RNA. 2022. V. 8. P. 22. https://doi.org/10.3390/ncrna8020022
  6. Miyakoshi M. et al. // Mol. Microbiol. 2022. V. 117. P. 160. https://doi.org/10.1111/mmi.14814
  7. Antoine L. et al. // Genes (Basel). 2021. V. 12. P. 1125. https://doi.org/10.3390/genes12081125
  8. dos Santos R.F., Arraiano C.M., Andrade J.M. // Curr. Genet. 2019. V. 65. P. 1313. https://doi.org/10.1007/s00294-019-00990-y
  9. Stenum T.S., Holmqvist E. // Mol. Microbiol. 2022. V. 117. P. 4. https://doi.org/10.1111/mmi.14785
  10. Katsuya-Gaviria K. et al. // RNA Biol. 2022. V. 19. P. 419. https://doi.org/10.1080/15476286.2022.2048565
  11. Woodson S.A., Panja S., Santiago-Frangos A. // Microbiol. Spectr. / Ed. Storz G., Papenfort K. 2018. V. 6. https://doi.org/10.1128/microbiolspec.RWR-0026-2018
  12. Updegrove T.B., Zhang A., Storz G. // Curr. Opin. Microbiol. 2016. V. 30. P. 133. https://doi.org/10.1016/j.mib.2016.02.003
  13. Murina V., Lekontseva N., Nikulin A. // Acta Cryst. D. 2013. V. 69. P. 1504. https://doi.org/10.1107/S090744491301010X
  14. Park S. et al. // Elife. 2021. V. 10. P. 1. https://doi.org/10.7554/eLife.64207
  15. Kavita K., de Mets F., Gottesman S. // Curr. Opin. Microbiol. 2018. V. 42. P. 53. https://doi.org/10.1016/j.mib.2017.10.014
  16. Schu D.J. et al. // EMBO J. 2015. V. 34. P. 2557. https://doi.org/10.15252/embj.201591569
  17. Santiago-Frangos A. et al. // Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2019. V. 166. P. 10978. https://doi.org/10.1073/pnas.1814428116
  18. Kavita K. et al. // Nucl. Acids Res. 2022. V. 50. P. 1718. https://doi.org/10.1093/nar/gkac017
  19. Santiago-Frangos A. et al. // Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2016. V. 113. P. E6089. https://doi.org/10.1073/pnas.1613053113
  20. Han X.Y., Han F.S., Segal J. // Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 2008. V. 58. P. 1398. https://doi.org/10.1099/ijs.0.64681-0
  21. Lima-Bittencourt C.I. et al. // BMC Microbiol. 2007. V. 7. P. 58. https://doi.org/10.1186/1471-2180-7-58
  22. Takenaka R. et al. // Jpn. J. Infect. Dis. 2015. V. 68. P. 526. https://doi.org/10.7883/yoken.JJID.2014.285
  23. Okada M. et al. // BMC Infect. Dis. 2013. V. 13. P. 406. https://doi.org/10.1186/1471-2334-13-406
  24. Tanpowpong P., Charoenmuang R., Apiwattanakul N. // Pediatr. Int. 2014. V. 56. P. 615. https://doi.org/10.1111/ped.12301
  25. Teixeira P. et al. // Mol. Genet. Genomics. 2020. V. 295. P. 1001. https://doi.org/10.1007/S00438-020-01676-8
  26. Winn M.D. et al. // Acta Cryst. D. 2011. V. 67. P. 235. https://doi.org/10.1107/S0907444910045749
  27. McCoy A.J. et al. // J. Appl. Cryst. 2007. V. 40. P. 658. https://doi.org/10.1107/S0021889807021206
  28. Afonine P. V et al. // Acta Cryst. D. 2012. V. 68. P. 352. https://doi.org/10.1107/S0907444912001308
  29. Emsley P. et al. // Acta Cryst. D. 2010. V. 66. P. 486. https://doi.org/10.1107/S0907444910007493
  30. Wang W. et al. // Genes Dev. 2011. V. 25. P. 2106. https://doi.org/10.1101/gad.16746011.2004
  31. Santiago-Frangos A., Woodson S.A. // Wiley Interdiscip. Rev. RNA. 2018. V. 9. P. e1475. https://doi.org/10.1002/wrna.1475
  32. Sonnleitner E. et al. // Biochem. Biophys. Res. Commun. 2004. V. 323. P. 1017. https://doi.org/10.1016/j.bbrc.2004.08.190
  33. Vecerek B. et al. // Nucl. Acids Res. 2008. V. 36. P. 133. https://doi.org/10.1093/nar/gkm985
  34. Panja S. et al. // J. Mol. Biol. 2015. V. 427. P. 3491. https://doi.org/10.1016/j.jmb.2015.07.010

Дополнительные файлы

Доп. файлы
Действие
1. JATS XML
Скачать
2.

Скачать (842KB)
Метаданные
3.

Скачать (971KB)
Метаданные
4.

Скачать (1005KB)
Метаданные

© Российская академия наук, 2023